Na terenie Powiatu Jędrzejowskiego znajdują się całkowite lub częściowe zlewnie następujących rzek: Nida – najdłuższa rzeka województwa opływająca teren powiatu od strony północno-wschodniej, odwadniająca środkowo-północną część Niecki Nidziańskiej. Jest rzeką nizinną o średnim spadku z licznymi meandrami, uregulowaną w niewielkim stopniu. Źródła położone w pobliżu miejscowości Moskorzew, początkowy odcinek nosi nazwę Białej Nidy,dopiero od połączenia z Czarną Nidą na wysokości miejscowości Żerniki rzeka nazywana jest Nidą. Od miejscowości Żerniki główne dopływy Nidy to: Czarna Nida i Maskalis jako lewobrzeżne oraz Brzeźnica i Mierzawa jako prawobrzeżne, Biała Nida – początkowy odcinek Nidy płynie w kierunku wschodnim i łączy się z Czarną Nidą w km 98,8 Nidy (długość 52,4 km zlewnia 1029,4 km 2 ). Do większych jej dopływów lewobrzeżnych należą: Lipnica, Łososina, Hutka a prawobrzeżnych: Kwilinka i Zdanówka, Mierzawa – bierze swój początek pod Brydzyniem Gmina Kozłów poza granicami Województwa Świętokrzyskiego (na terenie Powiatu Jędrzejowskiego 52,3 km zlewnia 563,6 km 2 ).
Rzeka ma charakter nizinny, płynie w kierunku wschodnim i uchodzi do Nidy w km 61,9 jej biegu, Brzeźnica – jest jedyną rzeką, która na całej długości płynie w granicach Powiatu Jędrzejowskiego – jej długość wynosi 16,8 km uchodzi do rzeki Nidy w km 80,5 jej biegu, zbiera wody z obszaru 98,0 km2. Zróżnicowana rzeźba i litologia skał podłoża w zlewni Nidy ma istotny wpływ na przepuszczalność utworów powierzchniowych, gęstość sieci rzecznej i kształtowanie się odpływu wód. Zlewnie położone w zachodniej części dorzecza Nidy (Białej Nidy i Mierzawy) posiadają stosunkowo niski odpływ, co wynika ze znacznej przepuszczalności częściowo skrasowiałego podłoża. Najniższy odpływ zaobserwowano w zlewni Mierzawy ze względu na dogodne warunki infiltracji, wysoką retencję zbiorników wód podziemnych oraz intensywne parowanie.
